アレルゲン免疫療法にはさまざまな変法が存在する。古くから臨床治療に応用され確立された方法から臨床研究途上のものまでさまざまな段階のものがある。
アレルゲンの投与経路についてはさまざまな変法が試みられている。たとえば枯草熱に対してアレルゲンを目に点眼する方法などさまざまな方法が試行錯誤的に試みられてきた。ワクチンに経口ワクチンとワクチン注射があるように大別すれば経口投与する舌下減感作療法と体内投与する減感作療法とに分類される。前者はヨーロッパを中心に盛んであるが、後者は米国を中心に盛んであるなど地域によって偏在もある。また臨床以前の基礎研究（動物実験）ではDNAへの遺伝子組み込みにより体内でアレルゲン物質を発現する方法の研究されている。
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アレルゲンに処理を施すことでアレルゲン免疫療法の有効率を向上させるさまざまな変法も開発されている。抗体結合部位（エピトープ）はタンパク質のごく一部なので、アレルゲンを酵素処理して小分子化すると抗原提示能が向上し抗体産生に有効であることが知られている。酵素活性化脱感作療法やその変法、超低投与量酵素活性化免疫療法などの舌下減感作療法の変法が英国では実用化されている。また臨床以前の基礎研究ではプルラン（多糖類）修飾を行った抗原の投与、合成ペプチドまたはCpGモチーフと結合させたペプチドの投与なども検討されている。遺伝子操作によってアレルゲンを発現するように品種改良された花粉症緩和米なども検討されている。
舌下減感作療法とは異なり、体内にアレルゲンを注入する減感作療法ではアレルゲンワクチンの持つ生物学的活性濃度が明確である必要がある。アレルギー反応を起こさない量では減感作療法の成立が期待できない一方、多すぎれば全身アレルギーの副作用リスクを伴うことになる。